பச்சையப்பன் கல்லூரி முதல்வராக என். சேட்டு என்பவர் நியமிக்கப்பட்டதை எதிர்த்து ஸ்ரீதர் உள்ளிட்ட ஏழு பேராசிரியர்கள் சென்னை உயர் நீதிமன்றத்தில் வழக்கு தொடர்ந்தனர். அவர்கள் தாக்கல் செய்த மனுவில், "பச்சையப்பன் கல்லூரியின் முதல்வராக இருந்த காளிராஜ் ஓய்வு பெற்றதையடுத்து என். சேட்டு என்பவர் நியமிக்கப்பட்டார். இவர் நியமனத்தில் முறைகேடு நடைபெற்றுள்ளது" எனக் குறிப்பிடப்பட்டுள்ளது.
இந்த வழக்கை விசாரித்த நீதிபதி எஸ்.எம். சுப்பிரமணியன், முதல்வர் நியமன நடைமுறைகளை முறையாகப் பின்பற்றவில்லை எனக்கூறி, என். சேட்டு நியமனத்தை ரத்து செய்து உத்தரவிட்டார். குறிப்பாக விதிகளைப் பின்பற்றி முதல்வர் தேர்வு நடைமுறைகளை மீண்டும் மேற்கொள்ள இடைக்கால நிர்வாகிக்கு உத்தரவிட்டார்.
அதேபோல, முதல்வர் தேர்வு நடைமுறை தொடர்பாக மனுதாரர் அளித்த புகார்கள் அனைத்தையும் விசாரணை நடத்தி தகுந்த நடவடிக்கை எடுக்குமாறு லஞ்ச ஒழிப்புத் துறைக்கும் நீதிபதி உத்தரவிட்டார்.
தனி நீதிபதியின் உத்தரவை எதிர்த்து சென்னை உயர் நீதிமன்றத்தில் சேட்டு மேல்முறையீட்டு மனுவை தாக்கல் செய்தார். இந்த மனுவை விசாரித்த நீதிபதி சுப்பையா, சரவணன் அடங்கிய அமர்வு, வழக்கில் தனி நீதிபதி பிறப்பித்த உத்தரவை உறுதி செய்தனர்.
பச்சையப்பன் அறக்கட்டளைக்குச் சொந்தமான சென்னையிலுள்ள பச்சையப்பன் கல்லூரி, காஞ்சிபுரத்திலுள்ள பச்சையப்பன் கல்லூரி, கந்தசாமி கல்லூரி, செல்லம்மாள் கல்லூரி ஆகிய நான்கு கல்லூரிகளில் முதல்வரை நியமிக்க உச்ச நீதிமன்ற ஓய்வுபெற்ற நீதிபதி பால் வசந்தகுமாரை நியமனம் செய்தும் கல்லூரிகளில் முதல்வர் நியமனம் தொடர்பாக லஞ்ச ஒழிப்புத் துறை விசாரிக்கவும் நீதிபதிகள் உத்தரவிட்டனர். மேலும், சேட்டுவின் மேல்முறையீட்டு மனுவைத் தள்ளுபடி செய்தனர்.