મમતાએ કેન્દ્ર પર JEE (મેઇન્સ)ના માધ્યમના સંદર્ભે ભાષાઓ વચ્ચે ભેદભાવ થતો હોવાનો આરોપ લગાવ્યો હતો. મમતા બેનર્જી કહ્યું કે, તેમની સરકાર NRC વિરુદ્ધ 11 નવેમ્બરના રોજ વિરોધ પ્રદર્શન કરશે. JEE(મેઈન્સ) ગુજરાતી ભાષામાં યોજવા બદલ કેન્દ્રની ટીકા કરી છે. તેમને JEE(મેઈન્સ)ની પરિક્ષા બંગાળી સહિત તમામ પ્રાદેશિક ભાષાઓમાં લેવાવી જોઈએ એવી ટકોર કરી હતી.
વિજય રૂપાણી પ્રતિક્રીયા આપતા કહ્યું કે, માત્ર ગુજરાત રાજ્ય સરકારે JEE (મેઇન્સ)ની પરિક્ષા ગુજરાતીમાં એટલે કે પ્રાદેશિક ભાષામાં લેવામાં આવે એવી ભલામણ કરી હતી. મમતાજીએ બંગાળી ભાષા માટે આવી કોઈ ભલામણ કરી નહોતી. આ તમામ નિર્ણય કેન્દ્ર સરકારે કરવાના હોય છે, ત્યારે કેન્દ્ર સરકારે હજુ સુધી કોઇ નિર્ણય કર્યો નથી. તેમની ભુલ છુપાવવા હવે અન્ય ભાષાને થતા અન્યાયના જુઠાણા ચલાવે છે.
મમતા બેનર્જીએ કરેલા ટ્વિટ અને વડાપ્રધાનને પત્ર લખીને વિરોધ કર્યો હતો. જેના જવાબમાં રાજ્યના મુખ્યપ્રધાન વિજય રૂપાણીએ ટ્વિટ કરીને મમતાને માફી માંગવા કહ્યું છે. તેમને ટ્વિટમાં લખ્યું કે, 'ભાગલાવાદી દીદી, તમારા રાજ્યની પ્રજાને આવા તમાશાની નહિ, વિકાસની જરૂર છે! હવે જ્યારે સત્ય બહાર આવી ગયું છે, ત્યારે તમારે તમારા જૂઠાણા બદલ લોકોની માફી માગી લેવી જોઈએ!' વિજય રૂપાણીનાં આ ટ્વિટ પછી, તેમનાં ટ્વિટર હેન્ડલ પર અનેક લોકોએ મમતા પર ગુસ્સો ઠાલવ્યો હતો.