مرکزی حکومت کی جانب سے دی جانے والی اسکالر شپ میں بدعنوانی کا معاملہ اس وقت سامنے آیا جب منسٹری آف ویب پورٹل پر مسلم طلبہ کو ہندوں طلبہ قرار دیا گیا اور ہندوں طلبہ کو مسلم طلبہ کے طور پر دکھایا گیا۔
دراصل اس اسکیم سے طلبہ و طالبات کو مستفید ہونے کے لیے پہلے ویب سائٹ پر اپنے آپ کو اندراج کرنا پڑتا ہے، جس کے بعد وہ مختلف مراحل سے گزرتے ہوئے ضلعی سوشل ویلفئر دفتر تک پہنچتا ہے۔