सर्वोच्च न्यायालयाने आपल्या १,१०० पानी दीर्घ निकालात धर्मनिरपेक्षतेबाबत अनेक गोष्टी नमूद केल्या आहेत. भविष्यात धार्मिक स्थळांबाबत अनेक प्रश्नांवर न्यायालयाने स्पष्टीकरण दिले असल्याने या मुद्यावर तंटे होणार नाहीत. मध्ययुगीन काळात इतर धर्मियांकडून अन्याय्य वागणूक दिल्याच्या किंवा अतिक्रमण करण्यात आल्याच्या नावाखाली कोणतेही जबरदस्तीने केलेले कृत्य घटनाबाह्य जाहीर केले आहे. बाबरी मशीद पतन हा कायद्याचा भंग आहे आणि अचानक उबळ येऊन केलेले कृत्य नाही, असा विचार सर्वोच्च न्यायालयाने केला आहे. हे कृत्य म्हणजे मुस्लिमांना त्यांच्या प्रार्थना स्थळावरून जबरदस्तीने बाहेर काढणे आहे, जे स्थळ ४५० वर्षांपूर्वी बांधले होते आणि अजूनही प्रकरणे न्यायप्रविष्ट आहेत, असे न्यायालयाने मानले. भारतासारख्या धर्मनिरपेक्ष देशात, जो समान न्यायासाठी खात्री देतो, असे कृत्य अनुचित आहे. याच कारणासाठी, न्यायालयाने आपल्या निकालपत्रात म्हटले आहे की, त्यांना पर्यायी जमिनीचा तुकडा दिल्याशिवाय न्याय दिल्यासारखे होणार नाही.
देशात लोकसंख्येचा असा एक घटक आहे की, जो धर्मनिरपेक्षता ही पश्चिमेतून आयात केलेली आहे, असे सांगत तिचे महत्व कमी करत असतो. १९२० पासून हा विचित्र युक्तिवाद केला जात आहे की, जे आपल्या देशाला कृती किंवा पूजास्थळ पाहू शकत नाहीत आणि त्यासाठी बाहेर पाहतात, ते कधीही राष्ट्रीय संस्कृतीचे भाग बनू शकत नाहीत. गेल्या तीन दशकांत, या कल्पनेने मजबुती घेतली आहे. काहींचा असा विश्वास आहे की, केवळ घटनेनुसार जगणे हे पुरेसे नाही. पिढ्यानपिढ्या चालत आलेल्या जुन्या संस्कृतीच्या प्रेरणेशिवाय, राष्ट्रवाद प्रस्थापित करता येणार नाही, असे मानणाऱ्या बुद्धिमान लोकांची वानवा नाही. रामजन्मभूमी-बाबरी मशीद वादानंतर, धर्मनिरपेक्षतेच्या कल्पनेवर व्यापक चर्चा झाली. राजकारणात बेगडी धर्मनिरपेक्षता या शब्दानेही मोठी लोकप्रियता मिळवली.
सर्वोच्च न्यायालयाने आपल्या निकालपत्रात अनेक ठिकाणी हे स्पष्ट केले आहे की, विश्वास आणि श्रद्धा या एकट्या १५०० यार्डाच्या विवादास्पद जागेबाबत निर्णय घेण्यासाठी पुरेशा नाहीत. धर्मनिरपेक्षता, समान न्याय आणि योग्य पुरावे यावर निकाल आधारित आहे, असे त्याने म्हटले आहे. मंदिर आणि मशीद वादाने केवळ देशाला हादरवून टाकले असे नाही तर धर्मनिरपेक्षता तत्वही अनेक चढउतार येऊन पणाला लागले होते. हे लक्षात घेउन, सर्वोच्च न्यायालयाने धर्मनिरपेक्षतेबाबत सखोल स्पष्टीकरण दिले. धर्मनिरपेक्षतेकडे न्यायालय व्यक्तिगत पसंतीचा किंवा तत्वज्ञानाचा मुद्दा म्हणून पाहत नाही. त्याने असे म्हटले आहे की, धार्मिक सहिष्णुता हा धर्मनिरपेक्षतेचा स्वभाव आहे आणि घटनात्मक चौकटीचा भाग आहे. त्याने पुढे असेही म्हटले आहे की, धर्मनिरपेक्षता हा घटनेचा अनतिक्रमणीय भाग आहे. सर्वोच्च न्यायालयाने असेही स्पष्ट केले आहे की, न्यायपालिका, सरकार आणि नागरिकांनी धर्मनिरपेक्षतेच्या तत्वाचे पालन केलेच पाहिजे.
बोम्मई प्रकरणी सुनावणी सुरू असताना नऊ न्यायाधीशांच्या पॅनेलने, न्यायमूर्ती जीवन रेड्डी यांनी धर्मनिरपेक्षतेची स्पष्ट व्याख्या दिली आहे. धार्मिक विवादात तटस्थ भूमिका घेणे म्हणजे धर्मनिरपेक्षता गणली जात नाही. अयोध्या निकालात, सर्वोच्च न्यायालयाने रेड्डी यांचे शब्द उद्धृत केले असून धर्मनिरपेक्षता हे सर्वोच्च उद्दिष्ट आहे या प्रकरणात सुनावणी घेताना, न्यायमूर्ती जीवन रेड्डी यांनी धर्मनिरपेक्षतेची स्पष्ट व्याख्या दिली आहे. धार्मिक संघर्षात तटस्थ भूमिका घेणे म्हणजे धर्मनिरपेक्षता नव्हे. अद्योध्या निकालाच्या दरम्यान, सर्वोच्च न्यायालयाने जीवन रेड्डी यांचे शब्द उधृत केले आणि धर्मनिरपेक्षता हे सर्वोच्च उद्दिष्ट असून तोच आमचा उद्देश्य असला पाहिजे आणि ते भारतीय घटनेचे अलग न करता येण्याजोगा भाग आहे. धार्मिक स्थळाबाबतचे भविष्यातील वाद रोखण्यासाठी, सर्वोच्च न्यायालयाने १९९१ च्या पूजा स्थळ कायद्याचा उल्लेख केला आहे. हा कायदा १५ ऑगस्ट १९४७ रोजी अस्तित्वात असलेल्या कोणत्याही धर्मस्थळाचे परिवर्तन करण्यावर बंदी घालण्यासाठी ही तरतूद आहे. इतर धर्मीय अतिक्रमण करत आहेत, असे जाहीर करून कुणी सूड उगवण्याचा प्रयत्न करत असेल तर हा गुन्हा शिक्षापात्र आहे.