எஸ்.வி. சேகர் கடந்த 2020ஆம் ஆண்டு அப்போதைய முதலமைச்சர் பழனிசாமி குறித்து தவறான தகவலை தெரிவித்தும், தேசிய கொடியை அவமதிக்கும் வகையிலும் யூ டியூபில் வீடியோ வெளியிட்டதாக ராஜரத்தினம் என்பவர் மத்திய குற்றப்பிரிவில் புகார் அளித்திருந்தார்.
இந்தப் புகாரின் அடிப்படையில் எஸ்.வி. சேகருக்கு எதிராக பதிவு செய்யப்பட்ட வழக்கு தொடர்பான குற்றப்பத்திரிகை, சென்னை எம்.பி. - எம்.எல்.ஏ.க்கள் மீதான வழக்குகளை விசாரிக்கும் சிறப்பு நீதிமன்றத்தில் தாக்கல் செய்யப்பட்டுள்ளது.
சிறப்பு நீதிமன்றத்தில் விசாரணையில் உள்ள இந்த வழக்கை ரத்து செய்யக் கோரி எஸ்.வி.சேகர் சென்னை உயர் நீதிமன்றத்தில் மனுத்தாக்கல் செய்துள்ளார்.