தமிழ்நாடு முதலமைச்சராக ஜெயலலிதா இருந்தபோது அவரையும், அரசின் செயல்பாடுகளையும், தமிழ்நாடு ஆளுநரையும் விமர்சித்து ஈ.வி.கே.எஸ். இளங்கோவன் பல்வேறு கருத்துக்களை தெரிவித்திருந்தார்.
பல்கலைக்கழக துணைவேந்தர் நியமனங்கள், அரசு ஒப்பந்தங்கள் ஒதுக்கீடு, கூடங்குளம் போராட்டம் தொடர்பாக அவர் தெரிவித்த கருத்துகள் ஜெயலலிதா, தமிழ்நாடு அரசின் நற்பெயருக்கு களங்கம் விளைவிக்கும் வகையில் இருந்ததாக கூறி ஜெயலலிதா சார்பில் இளங்கோவனுக்கு எதிராக மூன்று அவதூறு வழக்குகள் தொடரப்பட்டது.