ரகசியங்களைப் பாதுகாப்பதில் முன்னாள் குடியரசுத் தலைவர் பிரணாப் முகர்ஜி வல்லவர். 'இவரிடம் ஏதேனும் ரகசியங்களைத் தெரிவித்தால், அது அவரிடமிருந்து வெளியே வர வாய்ப்பில்லை. குழாய் மூலம் புகைக்கும் புகை மட்டுமே அவர் வாயிலிருந்து வெளியே வரும்' என பிரணாப் குறித்து அடிக்கடி முன்னாள் பிரதமர் இந்திரா காந்தி கூறுவார். ராஜிவ் காந்தியுடன் கருத்து வேறுபாடு ஏற்பட்டு பின்னர், அவருடன் இணைந்ததை வைத்து பிரணாப் அரசியலில் பிழைக்கத் தெரிந்தவர் என அரசியல் நோக்கர்கள் கூறினார்கள். 1984ஆம் ஆண்டு பிரதமராகப் பதவியேற்றபின் பிரணாப்பை அமைச்சரவையிலிருந்தும் காங்கிரஸ் செயற்குழுவிலிருந்தும் ராஜிவ் காந்தி நீக்கினார்.
1986ஆம் ஆண்டு, காங்கிரஸ் கட்சியிலிருந்து நீக்கப்பட்டதைத் தொடர்ந்து, ராஷ்டிரிய சமாஜ்வாதி காங்கிரஸ் என்ற கட்சியை பிரணாப் தொடங்கினார். இரண்டே ஆண்டுகளில், ராஜிவ் காந்தியுடன் ஏற்பட்ட கருத்து வேறுபாடு முடிவுக்கு வந்ததைத் தொடர்ந்து, தன் கட்சியை காங்கிரஸ் கட்சியில் பிரணாப் இணைத்தார். அரசியலில் பல சறுக்கல்களைச் சந்தித்த பிரணாப், அதிலிருந்து தொடர்ந்து மீண்டு வந்து சாதனை படைத்துள்ளார்.
ஆங்கிலத்தில் புலமை, வரைவுகளைத் தயாரிப்பதில் தனித் திறன், கூர்மையான நினைவாற்றல், தேசிய - சர்வதேச விவகாரங்களை அறிந்து கொள்ளுதல், நாடாளுமன்ற விவகாரங்களின் நுணுக்கம் போன்றவற்றால் அமைச்சரவையில் மட்டுமல்லாமல், கட்சியிலும் பிரணாப் சிறந்து விளங்கினார். கடினமான சர்ச்சைக்குரிய விவகாரங்கள் அமைச்சரவையில் வெடிக்கும்போது, பிரணாப் தான் அதற்குத் தீர்வு கூறுவார். அகில இந்திய காங்கிரஸ் கமிட்டியின் பல்வேறு தீர்மானங்களைத் தயாரிப்பதற்கும் கட்சியின் பல அமைப்புகளுக்குத் தலைமை தாங்குவதற்கும் பிரணாப் தான் அழைக்கப்படுவார்.
மன்மோகன் சிங் அமைச்சரவையில், பிரணாப் முகர்ஜி தான் இரண்டாவது முக்கிய நபர். அலைக்கற்றை, பொதுத்துறை நிறுவனங்களின் பங்குகளை விற்றல், போபால் விஷவாயு, உலக வணிக நிறுவனம் உள்ளிட்ட விவகாரங்கள் சார்ந்த குழுக்களில் பிரணாப் உறுப்பினராக இருந்துள்ளார். 95 அமைச்சரவைக் குழுக்களுக்கு பிரணாப் தலைமை தாங்கியுள்ளார்.
இந்திரா காந்தி, நரசிம்மராவ், மன்மோகன் சிங் என மூன்று பிரதமர்களின் கீழ், பிரணாப் பணியாற்றியுள்ளார். உலகமயமாக்கலுக்கு முன்பான காலக்கட்டத்திலும் அதற்குப் பிறகான காலகட்டத்திலும் நிதிநிலை அறிக்கையைத் தாக்கல் செய்த ஒரே நிதியமைச்சர் பிரணாப் தான்.