अमहदनगर -शिर्डी साईबाबा संस्थानचे तत्कालीन मुख्य कार्यकारी अधिकारी कान्हुराज बगाटे यांच्या अडचणीत वाढ होताना दिसत आहे. कान्हुराज बगाटे यांनी तदर्थ समिती व उच्च न्यायालयाची परवानगी न घेता सुमारे 25 कोटी रुपयांची बिले परस्पर अदा केल्याने माहिती अधिकार कार्यकर्ते संजय काळे यांनी औरंगाबाद येथील उच्च न्यायालयाचा अवमान केल्याप्रकरणी अवमान याचिका दाखल केली आहे. या याचिकेची सुनावणी झाली असून बगाटे यांना नोटीस काढली असल्याचे सामजिक कार्यकर्ते संजय काळे यांनी सांगितले.
कोपरगाव येथील सामजिक कार्यकर्ते संजय काळे यांनी 2019 मध्ये उच्च न्यायालयात एका याचिकेत संस्थानच्या विश्वस्त व्यवस्थेला केवळ दैनंदिन खर्च करण्याची परवानगी दिली होती. जनहित याचिका 120/2019 मध्ये न्यायालयाने चार सदस्यांच्या तदर्थ समितीचे गठण केले. यामध्ये प्रधान जिल्हा न्यायाधीश यांना समितीचे अध्यक्ष करण्यात आले. ऑगस्ट, 2020 मध्ये संस्थानचे मुख्य कार्यकारी अधिकारी म्हणून कान्हूराज बगाटे यांची नियुक्ती झाली.