सरकारी योजनेच्या अंमलबजावणीतील सामान्यपणे आढळणारी समस्या म्हणजे निधीचा अभाव. पुरेसा पैसा असला तरीही त्याचा विनियोग न करणे हे केवळ अमलबजावणी अधिकाऱ्यांची अनास्था इतका अर्थ लावावा लागेल. केंद्रीय महिला आणि बालविकास मंत्र्यांनी नुकतेच संबंधित राज्यांना केंद्र सरकारची पोषण अभियान योजना युद्ध पातळीवर राबवण्याचे आवाहन करताना निधीचा जास्तीत जास्त विनियोग करा, असे सांगितल्याने वाद निर्माण झाला आहे. केंद्रीय मंत्री श्रीमती स्मृती इराणी यांनी राज्ये या कल्याण योजनेची विशिष्ट उद्दिष्टे साध्य करण्यात राज्ये फार मागे पडली आहेत, अशी तक्रार त्यांनी केली, ज्यातून परिस्थितीचे गांभीर्य लक्षात येते.
पोषण अभियान योजना केवळ नावापुरती राबवण्यात येत आहे आणि पश्चिम बंगाल, हरियाणा, पंजाब, केरळ, ओडिशा आणि गोवा ही राज्ये फार मागे आहेत. केंद्राने आतापर्यंत ३,७६९ कोटी रूपये वितरीत केले असून केवळ १०५८ कोटी रूपये (३३ टक्के) खर्च करण्यात आले आहेत. पश्चिम बंगाल, ओडिशा आणि गोवा या राज्यांत तर योजना सुरू ही करण्यात आली नाही. कर्नाटक आणि पंजाबमध्ये केवळ एक टक्के निधीचा विनियोग करण्यात आला आहे. हरियाणा आणि केरळमध्ये निधीच्या विनियोगाचे प्रमाण १० टक्क्यापेक्षा कमी आहे.
पश्चिम बंगालमधील तृणमूल कॉंग्रेस सरकारचे केंद्राशी गंभीर मतभेद असल्याने त्यांनी तर योजनेचा विचारही केलेला नाही. राज्याचे मंत्री शशी पांजा यांनी योजनेची अमलबजावणी का केली नाही, याचे कारण स्पष्ट करताना. राज्याची पोषण आहार योजना केंद्राच्या योजनेपेक्षा खूप जास्त सर्वसमावेशक आहे, असे सांगितले. भाजपचे सरकार असलेल्या गोव्यात कमी जास्त प्रमाणात हीच स्थिती आहे. गोवा सरकारचे संबंधित अधिकारी दीपाली नायक यांनी सांगितले की, योजनेच्या अमलबजावणीमध्ये आवश्यक कर्मचारी नसणे, हे मुख्य कारण आणि त्रुटी आहे. त्याचबरोबर, स्मार्ट फोन आणि उपकरणे अधिग्रहण करण्यास झालेला विलंब हे किमान निधी खर्च करण्याचे कारण असल्याचे त्यांनी स्पष्ट केले. पंजाबची स्थिती इतर राज्यांच्या तुलनेत काहीशी चांगली आहे. अनेक पाह्ण्यानी असे स्पष्ट केले आहे की, योजनेची सध्याची गती निश्चितच खूप संथ आणि मागे पडणारी आहे. आंतरराष्ट्रीय वैद्यकीय नियतकालिक लँसेट सर्व्हेने असा स्पष्ट इषारा दिला आहे की, भारताने बालकांची मंद वाढ, कमी वजनाची बालके, मुले आणि महिलांमधील रक्तक्षय अशा त्रुटीवर नियंत्रण मिळवले नाही तर २०२२ पर्यंत भारत पोषण अभियानाचे उद्दिष्ट साध्य करू शकणार नाही. भारतीय वैद्यकीय संशोधन मंडळाने असे मत व्यक्त केले आहे. देशात अर्भके, गर्भवती महिला आणि स्तनपान करणारी सहा वर्षांपुरती मुले यांच्यावर थेट परिणाम करणारे अनेक कार्यक्रम असले तरीही पोषक आहाराच्या पुरवठ्याशी संबंधित समस्या अजूनही राज्यांत आहेत.
२०१८ मध्ये या योजनांमध्ये ताळमेळ घालण्यासाठी पोषण अभियान कार्यक्रम सुरू करण्यात आला. अनेक मंत्रालयांकडून एकीकृत पद्धतीने तो चालवला जाणार, असे ठरले होते. अंगणवाडी केंद्रांच्या सेवांचा वापर करून २०२२ पर्यंत कुपोषणाचा प्रश्न दूर करणे, हे मुख्य उद्दिष्ट आहे. नीती आयोगाने या योजनेचा वापर करून दरवर्षी बालकांच्या वाढीतील तुट दोन टक्क्यांनी,उंचीतील तुट दोन टक्क्यांनी, रक्तक्षय असलेली अर्भके, महिला आणि पौगंडावस्थेतील मुले यांचे प्रमाण तीन टक्क्यानी तर कमी वजनाच्या बालकांचे प्रमाण दोन टक्क्यांनी कमी करण्याचे लक्ष्य सर्व राज्यांना दिले आहे. नीती आयोगाने २७ महत्वाकांक्षी जिल्ह्यांत पाहणी केली तेव्हा त्यांना धक्कादायक निष्कर्ष आढळले. ७८ टक्के गर्भवती महिला आणि स्तनपान करणाऱ्या महिलांनी अंगणवाडीत नाव नोंदवले होते पण केवळ ४६ टक्के महिलाना पोषण आहार मिळत होता. पंतप्रधान मातृवंदना योजनेंतर्गत, खाद्यपदार्थ २५ दिवस पुरवायचे आहेत, पण प्रत्यक्षात ते केवळ लक्ष्याच्या निम्मे दिवस पुरवण्यात येत आहेत.