തിരുവനന്തപുരം: പ്രതിഷേധങ്ങൾക്ക് ഒടുവിൽ 1992 മെയ് 18ന് കെ. കരുണാകരൻ സർക്കാർ അഭയ കേസ് സിബിഐയ്ക്ക് ശുപാർശ ചെയ്തു. സിബിഐ ഡൽഹി ക്രൈം യൂണിറ്റ് കേസ് അന്വേഷണം ഏറ്റെടുത്തു. 1993 മാർച്ച് 29ന് എറണാകുളം ചീഫ് ജുഡീഷ്യൽ മജിസ്ട്രേറ്റ് കോടതിയിൽ സിബിഐ എഫ്.ഐ.ആർ രജിസ്റ്റർ ചെയ്തു. കൊച്ചി സിബിഐ യൂണിറ്റ് ഡി.വൈ.എസ്.പി വർഗീസ് പി. തോമസിന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള സിബിഐ സംഘം അഭയയുടെ മരണം ആത്മഹത്യയാണെന്നുള്ള ക്രൈംബ്രാഞ്ച് റിപ്പോർട്ട് തള്ളി.
സിബിഐ അന്വേഷണം തുടങ്ങി ആറ് മാസത്തിനുള്ളിൽ അഭയയുടെ മരണം കൊലപാതകമാണെന്ന് കണ്ടെത്തി. മരണം കൊലപാതകമെന്ന സിബിഐ അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥന്റെ നിഗമനത്തെ അട്ടിമറിച്ച് കേസ് ആത്മഹത്യയാക്കാൻ ശ്രമിച്ചതായി മുൻ സിബിഐ എസ്.പി പി.വി ത്യാഗരാജൻ വെളിപ്പെടുത്തി. ഇതേ തുടർന്ന് 1994 മാർച്ച് ഏഴിന് അഭയ കേസ് അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥൻ ഡി.വൈ.എസ്.പി വർഗീസ് പി. തോമസ് പത്ര സമ്മേളനം നടത്തി.
ഇത് സിബിഐയുടെ ചരിത്രത്തിൽ ആദ്യമായിരുന്നു. ഇതോടെ അഭയ കേസ് ദേശീയ ശ്രദ്ധ പിടിച്ചുപറ്റി. ഈ വെളിപ്പെടുത്തലിന് ശേഷം വിരമിക്കാൻ ഒമ്പത് വർഷം ബാക്കി നിൽക്കെ 1993 ഡിസംബർ 31 ന് വർഗീസ് പി. തോമസ് സിബിഐയിൽ നിന്നും രാജിവച്ചു. വിവാദം ദേശീയ ശ്രദ്ധ നേടിയതോടെ സിബിഐ എസ്.പി പി.വി ത്യാഗരാജനെ കൊച്ചി യൂണിറ്റിൽ നിന്നും ചെന്നൈയിലേക്ക് സ്ഥലം മാറ്റി സിബിഐ വിവാദങ്ങൾക്ക് അവസാനമിട്ടു. തുടർന്ന് എം.എൽ ശർമയുടെനേതൃത്വത്തിലുള്ള സിബിഐ സംഘം കേസ് അന്വേഷണം ആരംഭിച്ചു. എന്നാൽ വർഷങ്ങൾ കഴിഞ്ഞിട്ടും പ്രതികളെ പിടികൂടാൻ കഴിഞ്ഞില്ല.
മൂന്ന് വർഷങ്ങൾക്ക് ശേഷം പല വർഷങ്ങളിലായി കേസന്വേഷണം അവസാനിപ്പിക്കാൻ അനുവാദം ചോദിച്ചു കൊണ്ട് 1996, 1999, 2005 എന്നീ വർഷങ്ങളിൽ റിപ്പോർട്ട് സമർപ്പിച്ചു. എന്നാൽ ഈ റിപ്പോർട്ടുകളെല്ലാം സിബിഐയെ വിമർശിച്ച് കൊണ്ട് എറണാകുളം ചീഫ് ജുഡീഷ്യൽ മജിസ്ട്രേറ്റ് കോടതി തള്ളി. ഹൈക്കോടതി ഉത്തരവിനെ തുടർന്ന് 2008 സെപ്റ്റംബർ നാലിന് ഡൽഹി യൂണിറ്റിൽ നിന്നും അന്വേഷണ ചുമതല കൊച്ചി യൂണിറ്റിലേക്ക് കൈമാറി. 2008 നവംബർ ഒന്നിന് കൊച്ചി യൂണിറ്റ് ഡി.വൈ.എസ്.പി നന്തകുമാർ നായർ അഭയ കേസ് അന്വേഷണം ഏറ്റെടുത്തു. ഒടുവിൽ 16 വർഷങ്ങൾക്ക് ശേഷം കേസിലെ പ്രതികളെ പിടികൂടി. 2009 ജൂലൈ 17ന് എറണാകുളം ചീഫ് ജുഡീഷ്യൽ മജിസ്ട്രേറ്റ് കോടതിയിൽ കുറ്റപത്രം സമർപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു.